临床医学院是学校历史最为悠久、规模最大的二级学院，国内医学名家李济仁、刘贻德、孙瑞元、翟庆骏等曾在这里深耕三尺讲台。自1958年建校以来，临床医学专业在较长一段历史时期内为学校唯一开设的专业；1977年学校招收第一批临床医学专业五年制本科生，1979年招收临床医学专业硕士研究生;1987年，根据学校发展需要成立医学系；2007年，更名为医学一系；2013年,更名为临床医学院。

学院现有本科和研究生2个办学层次，通过教育部临床医学专业认证（有效期6年），拥有临床医学一级学科硕士学位授权点和专业学位授权类别，临床医学博士专业学位授权类别为安徽省博士建设立项单位拟申报类别；本科设有临床医学和康复治疗学两个专业。2019年临床医学进入ESI学科全球前1%，每年稳步提升300名左右；获批国家级一流本科专业建设点、安徽省高峰学科、安徽省一流专业、安徽省特色专业等；临床医学8个二级学科连续五年进入科技量值（STEM）全国百强。现有国家级住院医师规范化培训基地、国家级全科医生培养基地、安徽省住院医师规范化培训骨干师资培训基地、安徽省全科师资培训基地、省级示范实验实训中心；建有国医大师工作室1个、国家级重点建设学科3个、省级临床重点专科和重点培育专科11个、校级重点学科6个。

学院下设安徽省示范实验实训中心1个、临床教研室25个，教学医院14所；校外实践教学医院48所，分布在北京、上海、深圳、江苏、浙江和安徽等地区。

学院拥有一支教学水平高、学术造诣深、科研能力强的师资队伍。现有专任教师477人,具有高级职称教师340人，其中全国和安徽省优秀教师、教学名师16人，安徽省高校学科拔尖人才2人，安徽省学术技术带头人及后备人选18人，安徽省“江淮名医”15人，国务院、省政府特殊津贴专家13人，省级教学团队8个。近三年，临床医学学科团队主持各类纵向科研项目121项，科研经费总计1634万元。获得省科学技术奖二等奖4项，三等奖3项；发表科研论文1192篇，其中SCI收录252篇；获批实用新型专利291项，发明专利60项。

学院坚持立德树人，以“新医科”引领医学人才培养改革，举办“卓越班”“天坛班”“安定班”等，全面提升育人水平。临床医学专业学生连续参加九届全国高等医学院校大学生临床技能竞赛，荣获全国总决赛一等奖1次、二等奖1次、三等奖4次，获华东分区赛特等奖2次、一等奖1次、二等奖3次和三等奖2次；荣获“互联网+”、“挑战杯”等各类学科比赛省级以上奖项300余项；获批国家级、省级大学生创新创业训练计划项目200余项，发表论文200余篇。近年来，毕业生就业率均保持在95%以上，临床医学专业毕业生考研录取率近50%，诸多优秀毕业生被中国科学技术大学、北京大学、清华大学等知名高校录取为硕士和博士研究生。毕业生全国医师执业资格考试通过率处于省内前列。

学院始终坚持立足安徽、面向全国、服务基层的办学定位，主动适应国家卫生健康事业发展需要和区域经济社会发展需求，着力培养富有创新精神、具有历史使命感和社会责任心、具备实践能力和终身学习能力的高素质创新性应用型人才。